Denumirea comunei, provine de la numele satului Bălușeni, fixat ca resedință, deoarece era satul cel mai mare din grupul de localități menite a închega o comună rurală, conform legii de organizare rurală din 1865. Comuna, ca unitate administrativ-teritorială oficială, datează la români de la 1864, când s-a supus dezbaterii în public și s-au ales consilii comunale, municipale și județene pe baza legii (de inspirație franceză) numită pe scurt "Legea comunală", ce era de fapt o lege a organizării administrativ-teritoriale, intrând în vigoare la 1 august 1865. Înainte de această dată, formele de organizare administrativă în Moldova erau ținuturile împărțite spre mai buna conducere în plaiuri, iar mai apoi în ocoale.

Privind actuala organizare administrativ-teritorială, comuna Bălușeni figurează în documente chiar de la înființare neîntrerupt cu aceeași denumire, teritoriul său fiind însă mult mai mare la înființare. Mai redus decât astăzi a fost în perioada 1925-1929, după care revine la aproximativ același teritoriu de astăzi.